La Junta de Gobierno es el órgano de gobierno, gestión y administración ordinaria de la Corporación.

La Junta de Gobierno está inicialmente constituida por un máximo de treinta miembros.

Las funciones de la Junta de Gobierno son:

• Ejercer los actos de administración y dirección de la Corporación que no estén reservados al Cabildo General u otro órgano de gobierno.
• Ejecutar los acuerdos del Cabildo General y velar por su cumplimiento.
• Determinar el empleo, colocación o intervención de los bienes de la Corporación.
• Examinar y aprobar los Presupuestos, Balances y Cuentas anuales de la Corporación, al igual que la Memoria de actividades, con carácter previo a su aprobación definitiva por el Cabildo.
• Aprobar los programas de cultos anuales en honor de los Sagrados Titulares.
• Proponer las distinciones cuya concesión compete al Cabildo y aprobar las de su propia competencia.
• Decidir sobre las admisiones y bajas de los hermanos.
• Incoar, acordar su tramitación y resolver los expedientes sancionadores conforme a los estatutos.